植物種メタバーコーディング
複数の植物種が混合した試料の中に含まれている植物種を推定します。例えば、ハチミツの中に含まれている様々な花粉を推定したり、野生動物や昆虫が摂食した植物を糞などから推測することができます。その他、製造過程での原料推定等のご利用実績がございます。
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特徴
- ハチミツなどDNA抽出が難しい試料や微量サンプルからも分析可能な実験プロトコール
- 交差検証済のデータベースを用いた信頼性の高い判別
- 種レベルでの判別に焦点を絞りつつ、誤判別を回避するナイーブベイズ分類器、Blastを併用したアノテーション方法（ITS2 RefSeq Integration Workflow（IRW))
- 研究目的、一般利用など目的別の報告書を作成
試験仕様
- DNA抽出、PCR、NGSによるシーケンス、データ解析による生物種アノテーションを行います
- ITS2領域を判別領域に使用（rbcLをご希望の場合はご相談下さい）
- 納品物（研究向け）：報告書、塩基配列データ(fastq形式)、アノテーション結果およびリード数ファイル(xlsx形式)
実施例
ハチミツ（花粉）を時系列で分析した結果
節足動物メタバーコーディング
節足動物（昆虫、甲殻類等）を対象にしたメタバーコーディングです。動物や肉食昆虫の糞などから、どのような生物を捕食しているかを知ることができます。
特徴
- 糞など分解が進んでいる試料や微量サンプルからも分析可能な実験プロトコール
- 交差検証済のデータベースを用いた信頼性の高い判別
- 種レベルでの判別に焦点を絞りつつ、誤判別を回避するナイーブベイズ分類器、Blastを併用したアノテーション方法
- 研究目的、一般利用など目的別の報告書を作成
試験仕様
- DNA抽出、PCR、NGSによるシーケンス、データ解析による生物種アノテーションを行います
- CO1領域を判別領域に使用
- 納品物（研究向け）：報告書、塩基配列データ(fastq形式)、アノテーション結果およびリード数ファイル(xlsx形式)
環境微生物・インフラDNA解析
水路、配管、排水設備、貯水槽、冷却水、循環水、堆積物などの水環境・インフラ環境に存在する微生物群集をDNA解析により可視化します。
鉄細菌、硫黄酸化細菌、鉄還元菌、バイオフィルム形成菌などを含む微生物群集を解析することで、沈殻物形成、閉塞、腐食、水質変化、ぬめり、赤褐色沈着物などの原因推定を支援します。
特徴
- 水路、配管、排水設備、貯水槽、冷却水、循環水などの微生物解析に対応
- 水、沈殻物、付着物、堆積物などの試料から解析可能
- 16S rRNA遺伝子解析により、細菌群集の構成を網羅的に可視化
- 鉄細菌、硫黄酸化細菌、鉄還元菌、バイオフィルム形成菌、腐食関連菌などの評価に対応
- 原因調査、設備管理、予防保全など、目的に応じた報告書を作成
試験仕様
- DNA抽出、PCR、NGSによるシーケンス、データ解析による微生物群集解析を行います
- 主に16S rRNA遺伝子領域を対象として解析します
- 必要に応じて、真菌を対象としたITS領域解析や、特定微生物を対象としたqPCR解析にも対応します
- 納品物：報告書、塩基配列データ（fastq形式）、分類群ごとのリード数ファイル（xlsx形式）、必要に応じた比較解析結果
想定される利用例
| 対象 | 想定される課題 | 解析内容 |
| 水路・配管 | バイオフィルム、ぬめり、閉塞 | 付着物中の細菌群集解析 |
| 排水設備 | 微生物相の変動、処理状態の変化 | 排水中の微生物群集比較 |
| 冷却水・循環水 | スライム形成、腐食リスク | バイオフィルム形成菌・腐食関連菌の評価 |
| 貯水槽・タンク | 赤褐色沈着物、水質変化 | 水・沈殻物中の微生物群集解析 |
| 土壌・堆積物 | 還元環境、硫黄臭、金属成分の変動 | 土壌・堆積物中の微生物群集解析 |
環境DNAデータ解析受託／判別用データベースおよびスクリプト作成
環境DNA解析は、使用するデータベースや生物種の割り当て手法の選択により、判別結果が異なる可能性があります。
弊社では生物種毎のキュレーション済みDNAデータベース作成や、生物種のアノテーション方法を最適化しており、実験目的に応じた判別結果をご提供します。
| ① データ再解析 | お手持ちのDNAデータを再解析し、生物種のアノテーションまで行います。 |
| ②判別用データベース構築 | NCBI等から最新のデータに基づいた判別用データベースを作成します（判別領域毎 rbcL/ITS/Co1など）。Qiime2，Blast検索にご利用頂けます。 |
| ③前処理〜アノテーションまでのコードの作成 | fastqファイルの取り込みから生物種アノテーションまでのコードを作成します。ご希望のパラメーターや手順があれば対応致します。 |
| ④下流解析 | 出力されたbamファイル等から、主成分分析等の下流解析を行います。 |
| ⑤解析環境の構築 | クラウドサービス（Azure）を使用し解析用のLinux環境を構築します。仮想マシンの立ち上げ、リモートデスクトップ環境の構築、主要アプリケーションのインストールまで行います。インフラ投資の初期費用を大幅に抑えて解析業務をスタートすることができます。（お客様自身で別途クラウドサービスのご契約が必要です） |