RNA-seqデータから、研究仮説につながる遺伝子を見つけます
RNA-seqは、処理区と対照区、異なる組織、異なる発生段階、異なる環境条件などの間で、遺伝子発現の違いを網羅的に調べる解析手法です。弊社ではRNA-seqデータを用いて、発現変動遺伝子の抽出、機能アノテーション、パスウェイ解析、候補遺伝子の整理まで支援します。qPCR検証、RNAi実験、標的遺伝子探索など、下流解析も実施可能です。
このような方におすすめです
- 処理区と対照区で発現が変化する遺伝子を調べたい
- RNA-seqデータはあるが、解析方法や解釈に困っている
- 非モデル生物で候補遺伝子を探索したい
- 発現変動遺伝子から、機能的に重要な遺伝子を絞り込みたい
- qPCRやRNAi実験につなげる候補遺伝子を選びたい
- 論文・報告書に使える図表を作成したい
対応可能な解析
| 解析項目 | 内容 |
|---|---|
| FastQ品質確認 | シーケンスデータの品質、リード数、塩基品質を確認 |
| トリミング | 低品質配列、アダプター配列などを除去 |
| マッピング | 参照ゲノム・参照配列へのアライメント |
| de novoアセンブリ | 参照ゲノムがない生物の転写産物配列構築 |
| 発現量推定 | 遺伝子・転写産物ごとの発現量を算出 |
| 発現変動解析 | 条件間で発現が変化した遺伝子を抽出 |
| 機能アノテーション | 相同性検索および公共データベースを用いた機能推定 |
| 可視化 | PCA、ヒートマップ、ボルケーノプロット等 |
| 候補遺伝子抽出 | 研究目的に応じた遺伝子リスト作成 |
| レポート作成 | 解析手法、結果、考察を整理 |
実施例
標準解析：リファレンスゲノムがある生物を対象とした基本的な解析の例です。
- FastQ品質確認
- トリミング
- マッピングまたは発現量推定
- 発現変動解析
- PCA・ヒートマップ・ボルケーノプロット
- 発現変動遺伝子リスト
- 簡易レポート
非モデル生物対応：参照ゲノムがない、またはアノテーションが不十分な生物を対象とした解析の例です。
- de novoトランスクリプトーム解析
- 転写産物配列の構築
- ORF予測
- BLASTによる機能推定
- 候補遺伝子の抽出
- 研究目的に応じた結果整理
候補遺伝子探索：RNA-seqの結果から、次の実験に使う候補遺伝子を絞り込む解析の例です。
- 発現変動遺伝子の整理
- 機能アノテーション
- 関連遺伝子群の抽出
- qPCR候補遺伝子の選定
- RNAi標的候補の選定
- プライマー設計相談
解析の流れ
| 1. お問い合わせ | 研究目的、対象生物、サンプル数、比較条件、データの有無を確認します。 |
| 2. 解析方針のご提案 | 参照ゲノムの有無、サンプル構成、研究目的に応じて解析方針を設計します。 |
| 3. データ受領 | FastQファイル、サンプル情報、比較条件、参照配列などをお送りいただきます。 |
| 4. 解析実施 | 品質確認、発現量推定、発現変動解析、アノテーション等を実施します。 |
| 5. 結果納品 | 解析結果表、図表、レポートを納品します。 |
＊生物サンプルをお送りいただき、シーケンスから実施することも可能です。
ご提供いただきたい情報
| 対象生物名 | サンプル数 |
| 比較条件 | リファレンスゲノムの有無 |
| FastQデータの有無 | 研究目的 |
| 特に注目している遺伝子・経路 | 希望納期 |
| 論文・報告書用途の有無 |
納品物
| QC結果 | 発現量テーブル |
| 発現変動遺伝子リスト | アノテーション結果 |
| PCAプロット | ヒートマップ |
| ボルケーノプロット | 解析レポート |
| 必要に応じた中間ファイル |
よくあるご質問
Q. サンプル数はどのくらい必要ですか？
統計的な発現変動解析には、各条件につき生物学的反復3サンプル以上を推奨します。サンプル数が少ない場合でも、可能な範囲で解析を行いますのでご相談ください。
Q. 参照ゲノムがない生物でも解析できますか？
はい。de novoトランスクリプトーム解析により、参照ゲノムなしでも発現変動解析や機能アノテーションが可能です。非モデル生物対応プランをご利用ください。
Q. 解析期間はどのくらいですか？
データ量やサンプル数により異なりますが、標準的な解析で1か月半程度が目安です。お急ぎの場合はご相談ください。
注意事項
RNA-seq解析の結果は、サンプル品質、シーケンス品質、サンプル数、参照ゲノムの有無、アノテーション情報の充実度により大きく変動します。事前にデータ構成を確認したうえで、解析方針とお見積りをご提案します。