植物種メタバーコーディング

複数の植物種が混合した試料の中に含まれている植物種を推定します。例えば、ハチミツの中に含まれている様々な花粉を推定したり、野生動物や昆虫が摂食した植物を糞などから推測することができます。その他、製造過程での原料推定等のご利用実績がございます。

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特徴

ハチミツなどDNA抽出が難しい試料や微量サンプルからも分析可能な実験プロトコール
交差検証済のデータベースを用いた信頼性の高い判別
種レベルでの判別に焦点を絞りつつ、誤判別を回避するナイーブベイズ分類器、Blastを併用したアノテーション方法（ITS2 RefSeq Integration Workflow（IRW))
研究目的、一般利用など目的別の報告書を作成

ハチミツ（花粉）を時系列で分析した結果

節足動物（昆虫、甲殻類等）を対象にしたメタバーコーディングです。動物や肉食昆虫の糞などから、どのような生物を捕食しているかを知ることができます。

環境DNA解析は、使用するデータベースや生物種の割り当て手法の選択により、判別結果が異なる可能性があります。

弊社では生物種毎のキュレーション済みDNAデータベース作成や、生物種のアノテーション方法を最適化しており、実験目的に応じた判別結果をご提供します。

① データ再解析	お手持ちのDNAデータを再解析し、生物種のアノテーションまで行います。
②判別用データベース構築	NCBI等から最新のデータに基づいた判別用データベースを作成します（判別領域毎 rbcL/ITS/Co1など）。Qiime2，Blast検索にご利用頂けます。
③前処理〜アノテーションまでのコードの作成	fastqファイルの取り込みから生物種アノテーションまでのコードを作成します。ご希望のパラメーターや手順があれば対応致します。
④下流解析	出力されたbamファイル等から、主成分分析等の下流解析を行います。
⑤解析環境の構築	クラウドサービス（Azure）を使用し解析用のLinux環境を構築します。仮想マシンの立ち上げ、リモートデスクトップ環境の構築、主要アプリケーションのインストールまで行います。インフラ投資の初期費用を大幅に抑えて解析業務をスタートすることができます。（お客様自身で別途クラウドサービスのご契約が必要です）