植物種メタバーコーディング

複数の植物種が混合した試料の中に含まれている植物種を推定します。例えば、ハチミツの中に含まれている様々な花粉を推定したり、野生動物や昆虫が摂食した植物を糞などから推測することができます。その他、製造過程での原料推定等のご利用実績がございます。

特徴

• ハチミツなどDNA抽出が難しい試料や微量サンプルからも分析可能な実験プロトコール
• 交差検証済のデータベースを用いた信頼性の高い判別
• 種レベルでの判別に焦点を絞りつつ、誤判別を回避するナイーブベイズ分類器、Blastを併用したアノテーション方法（ITS2 RefSeq Integration Workflow（IRW))
• 研究目的、一般利用など目的別の報告書を作成

試験仕様

• DNA抽出、PCR、NGSによるシーケンス、データ解析による生物種アノテーションを行います
• ITS2領域を判別領域に使用（rbcLをご希望の場合はご相談下さい）
• 納品物（研究向け）：報告書、塩基配列データ(fastq形式)、アノテーション結果およびリード数ファイル(xlsx形式)

実施例

ハチミツ（花粉）を時系列で分析した結果

節足動物メタバーコーディング

節足動物（昆虫、甲殻類等）を対象にしたメタバーコーディングです。動物や肉食昆虫の糞などから、どのような生物を捕食しているかを知ることができます。

特徴

• 糞など分解が進んでいる試料や微量サンプルからも分析可能な実験プロトコール
• 交差検証済のデータベースを用いた信頼性の高い判別
• 種レベルでの判別に焦点を絞りつつ、誤判別を回避するナイーブベイズ分類器、Blastを併用したアノテーション方法
• 研究目的、一般利用など目的別の報告書を作成

試験仕様

• DNA抽出、PCR、NGSによるシーケンス、データ解析による生物種アノテーションを行います
• CO1領域を判別領域に使用
• 納品物（研究向け）：報告書、塩基配列データ(fastq形式)、アノテーション結果およびリード数ファイル(xlsx形式)