環境DNAデータ解析受託／判別用データベースおよびスクリプト作成

環境DNA解析は、使用するデータベースや生物種の割り当て手法の選択により、判別結果が異なる可能性があります。

弊社では生物種毎のキュレーション済みDNAデータベース作成や、生物種のアノテーション方法を最適化しており、実験目的に応じた判別結果をご提供します。

 

サービス項目

① データ再解析	お手持ちのDNAデータを再解析し、生物種のアノテーションまで行います。
②判別用データベース構築	NCBI等から最新のデータに基づいた判別用データベースを作成します（判別領域毎rbcL/ITS/Co1など）。Qiime2，Blast検索にご利用頂けます。
③前処理～アノテーションまでの コードの作成	fastqファイルの取り込みから生物種のアノテーションまでのコードを作成します。ご希望のパラメーターや手順があれば対応致します。
④下流解析	出力されたbamファイル等から、主成分分析等の下流解析を行います。
⑤解析環境の構築	クラウドサービス（Azure）を使用し解析用のLinux環境を構築します。 仮想マシンの立ち上げ、リモートデスクトップ環境の構築、主要アプリケーションのインストールまで行います。 インフラ投資の初期費用を大幅に抑えて解析業務をスタートすることができます。 （お客様自身で別途クラウドサービスのご契約が必要です）

 

RNA-seqデータ解析

サービス項目

① モデル生物	リファレンス配列にマッピングします。
②非モデル生物	RNA-seqデータからリファレンスゲノム配列なしで、トランスクリプト―ムを再構成。コンティグ配列を得ます
③発現定量	遺伝子発現に関する定量データを得ます
④CDS・アミノ酸配列予測	コンティグ配列からコーディング領域を検出し、予測アミノ酸配列を得ます
⑥機能アノテーション	Blast検索によって取得した配列情報に関連する遺伝子ID、機能情報を得ます
⑦下流解析	Pathway解析：代謝経路の情報と遺伝子発現に関わるデータを照らし合わせることで、生命現象の理解をより深めることができます。 主成分分析：サンプルの特徴やサンプル間の関係性を視覚化します。

 

クラウドサービスを利用したデータ分析システム構築

Microsoft Azure を利用したデータ分析システム一式を構築します。使用マシンのスペックが不足し急な対応が必要になった場合や予算が十分でなく自社内でのサーバー構築が難しい場合にクラウドサービスが最適です。ルーティーンの解析であればクラウドサービス内で処理を自動化することが可能です。また、出力にAIを組み合わせてオリジナルの分析を得たり、更にセンサーのリアルタイム出力を組み合わせることも実現できます。

お見積りは無料ですので、まずは簡単な概要をお教え頂ければと存じます。

サービス項目

① 仮想マシンの作成	Linuxマシンの作成、デスクトップ環境の導入、解析に必要なソフトウェア（Qiime2, Biopython等）のインストール
②ストレージ構築	Azure Blob Storageを利用しデータを取り込みます（自動化のケース）
③ビックデータ処理	Azure Synapseを用いた予測モデル構築
④クラウドサービス維持	データベース管理費、定常業務（クラウドサービス自体の費用はお客様ご自身でのご負担）