環境DNAデータ解析受託／判別用データベースおよびスクリプト作成
環境DNA解析は、使用するデータベースや生物種の割り当て手法の選択により、判別結果が異なる可能性があります。
弊社では生物種毎のキュレーション済みDNAデータベース作成や、生物種のアノテーション方法を最適化しており、実験目的に応じた判別結果をご提供します。
サービス項目
| ① データ再解析 | お手持ちのDNAデータを再解析し、生物種のアノテーションまで行います。 |
|---|---|
| ②判別用データベース構築 | NCBI等から最新のデータに基づいた判別用データベースを作成します（判別領域毎rbcL/ITS/Co1など）。Qiime2，Blast検索にご利用頂けます。 |
|
③前処理～アノテーションまでの コードの作成 |
fastqファイルの取り込みから生物種のアノテーションまでのコードを作成します。ご希望のパラメーターや手順があれば対応致します。 |
| ④下流解析 | 出力されたbamファイル等から、主成分分析等の下流解析を行います。 |
| ⑤解析環境の構築 |
クラウドサービス（Azure）を使用し解析用のLinux環境を構築します。 仮想マシンの立ち上げ、リモートデスクトップ環境の構築、主要アプリケーションのインストールまで行います。 インフラ投資の初期費用を大幅に抑えて解析業務をスタートすることができます。 （お客様自身で別途クラウドサービスのご契約が必要です） |
RNA-seqデータ解析
サービス項目
| ① モデル生物 | リファレンス配列にマッピングします。 |
|---|---|
| ②非モデル生物 | RNA-seqデータからリファレンスゲノム配列なしで、トランスクリプト―ムを再構成。コンティグ配列を得ます |
| ③発現定量 | 遺伝子発現に関する定量データを得ます。（後ほど⑥の機能アノテーション結果とマージさせます） |
| ④CDS・アミノ酸配列予測 | コンティグ配列からコーディング領域を検出し、予測アミノ酸配列を得ます |
| ⑥機能アノテーション | Blast検索によって取得した配列情報に関連する機能情報を得ます |
| ⑦下流解析 |
Pathway解析：代謝経路の情報と遺伝子発現に関わるデータを照らし合わせることで、生命現象の理解をより深めることができます。 主成分分析：サンプルの特徴やサンプル間の関係性を視覚化します。 |